مرحله دوم با تأسیس کارگاه‌ها و کارخانجات متعدد در کنار جاده قدیم و کنار راه‌آهن و به‌طورکلی شروع رشد سریع تهران در چند دهه اخیر آغاز گردید. در این مرحله با رشد سریع جمعیت منطقه تهران روستای قلعه حسن خان نیز که در فاصله نسبتاً کمی از تهران و در نزدیکی تعدادی از این کارخانجات و کارگاه‌ها قرار گرفته‌است به سرعت رشد نمود.

به گفته حسین بیگلری رئیس وقت اداره محیط زیست قدس فعالیت صنایع بزرگ و کوچک در شهرستان قدس در کنار مزایا، ثمرات و فرصت‌های متعدد و بالقوه‌ای که از منظر اقتصادی، تولیدی و اشتغالزایی در پی دارد، حاوی مخاطرات و تهدیداتی در عرصه زیست‌محیطی نیز است.. وجود معدن شن و ماسه در این منطقه به صورت بالقوه مستعد ایجاد آلودگی‌های زیست‌محیطی است. که تا درصد این معادن از حیث رعایت اصول زیست‌محیطی، است.انداردهای لازم را رعایت می‌کنند، لذا فعالیت معادن با آلایندگی‌هایی همراه بوده که در شهرستان قدس بخش عمده این آلودگی‌ها ناشی از مسیرهای دسترسی و راه‌های مواصلاتی منتهی به معادن و تردد خودروهای سنگین و کامیون‌های حمل مصالح و نخاله‌های ساختمانی است.. میزان آلایندگی هوای قدس در مقایسه با شهرستان‌های همجوار (ملارد و شهریار) به مراتب سنگین تر و شدید تر است. که فعالیت‌های صنعتی و تولیدی اشاره شده از یکسو و نزدیکی به پایتخت و تأثیرپذیری از هوای آلوده تهران نیز ضریب آلودگی‌ها را تشدید کرده‌است. یکی از معضلات اساسی ما در این منطقه به لاستیک سوزی و زباله سوزی معطوف می‌شود.

اکثر فضای سبز قدس خشک شده و تبدیل به خانه و مراکز صنعتی شده، اما همچنان می‌شود نمونه‌هایی از باغات قدیمی را در آن دید. غیر باغات معروف که در بالا به آن اشاره شد می‌توان به بوستان‌ها هم اشاره کرد. مسئولیت نگهداری از فضای سبز و بوستان‌های شهرقدس بر عهده سازمان بوستان‌ها و فضای سبز شهرداری قدس می‌باشد.

این طرح در قالب ستاد توسعه کاربرد انرژی های نو معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری تعریف شده و میلیارد ریال در سال و پرداخت شده و منجر به احداث پایلوت لیتر در روز تولید بیواتانول نسل دوم گردیده است.. کنسرسیوم شامل وزارت نفت، ستاد (سانا) و وزارت صنعت و معدن و تجارت بوده و دانشگاههای مختلف، پژوهشگاهها و جهاد کشاورزی فارس در اجرای آن نقش داشته اند.

ما می توانیم برخی از این مشکلات را با فناوری حل کنیم. به عنوان مثال، است.فاده دقیق تر از زمین، فیلترها یا منابع تمیزتر زیست توده می تواند کمک کننده باشد. سایر منابع زیست توده، مانند گاز متان از ضایعات مواد غذایی، ممکن است. در آینده بیشتر رایج شوند. این فناوری ها ممکن است. تولید برق از زیست توده را برای محیط زیست بهتر کنند.

 زیست توده یکی از منابع عمده در میان انواع منابع انرژیهای نو، می‌باشد. تعاریف متعدد و گوناگونی از این منابع شده است. .تعریف اتحادیه اروپا از زیست توده که در راهنمای//EC  به تاریخ سپتامبر میلادی عنوان شده، عبارت است. از: "زیست توده عبارت است. از اجزا قابل تجزیه زیستی از محصولات، پسماندها و زائدات کشاورزی (شامل مواد گیاهی و دامی)، جنگلها و صنایع وابسته و همچنین زائدات صنعتی و شهری قابل تجزیه". بر اساس تعریف علمی ارائه شده برای زیست توده در این آیین نامه، زیست توده به سوختهائی اطلاق می‌گردد که از جرم توده فیتوپلانکتونها و جرم توده زئوپلانکتونها ساخته می‌شوند.

سیستم های احتراق مستقیم، مواد اولیه زیست توده را وارد یک احتراق یا کوره می کنند، جایی که زیست توده با هوای اضافی سوزانده می شود تا آب را در دیگ بخار گرم کرده و بخار ایجاد کند. به جای احتراق مستقیم، برخی از فن آوری های در حال توسعه، زیست توده را برای تولید گاز قابل احتراق گازدهی می کنند و برخی دیگر روغن های پیرولیز تولید می کنند که می تواند جایگزین سوخت های مایع شود. سوخت دیگ بخار می تواند شامل تراشه های چوب، گلوله، خاک اره یا روغن زیستی باشد. سپس بخار دیگ بخار از طریق توربین بخار منبسط می شود، که برای چرخاندن ژنراتور و تولید برق می چرخد.

مرحله دوّم: ترکیبات آلی حاصل از مرحله اول به وسیله باکتریهای اسیدساز شکسته شده و اسیدهای آلی تولید می شود. معمولاً هیدروکربن های پنج و شش کربنی در آب حل شده و توسط باکتریهای اسیدساز مصرف گردیده و به ترکیباتی از قبیل هیدروژن، فورمات، است.ات، پروپیونات و گاز کربنیک تبدیل می گردند.